Στα Λευκά Όρη διαβιούν 32 είδη θηλαστικών (από τα οποία τα μισά είναι νυχτερίδες), 2 είδη αμφιβίων, 8 είδη ερπετών, περισσότερα από 200 είδη πτηνών, 73 είδη σαλιγκαριών, περισσότερα από 130 είδη αραχνών και αρκετές εκατοντάδες είδη άλλων ασπόνδυλων όπως έντομα, καρκινοειδή σαρανταποδαρούσες και άλλα. Πολλά από τα παραπάνω είδη είναι ενδημικά είτε των Λευκών Ορέων είτε της Κρήτης ή της Ελλάδας.

Χαρακτηριστικά είδη είναι:

  • Ο κρητικός αίγαγρος (Capra aegagrus cretica), το μεγαλύτερο θηλαστικό του νησιού, το οποίο ανήκει στην τάξη των αρτιοδακτύλων ζώων. Πρόκειται για το είδος εκείνο που χαρακτηρίζει το φαράγγι της Σαμαριάς και τα Λευκά Όρη γενικότερα, και για την προστασία του οποίου έγινε ουσιαστικά και η ανακήρυξη της περιοχής σε Εθνικό Δρυμό. Εκτός αυτού όμως, αποτελεί και είδος-σύμβολο, όχι μόνο των Λευκών Ορέων αλλά και της Κρήτης γενικότερα, ενώ έχει συσχετισθεί ισχυρά με την προσωπικότητα και ιδιοσυγκρασία των Κρητικών. Είναι ένα κατεξοχήν είδος των ορεινών περιοχών με βιότοπους μεγάλου εύρους που περιλαμβάνουν από ξηρά βουνά έως και αλπικές περιοχές, γενικά βραχώδεις θέσεις με φρυγανώδη βλάστηση κοντά σε κωνοφόρα δάση. Χαρακτηριστικό της οικολογίας του είδους είναι η προτίμηση του σε περιοχές με κλίσεις μεγαλύτερες από 30%. Το αγρίμι εισήχθη από τον άνθρωπο στο νησί πριν από 7.000 – 9.000 χρόνια ενώ πρόσφατες γενετικές αναλύσεις κατέδειξαν ότι το αγρίμι δεν αποτελεί υποείδος του αιγάγρου της Μέσης Ανατολής, αλλά συγγενεύει περισσότερο με τις γίδες. Σήμερα, ο πληθυσμός του αγριμιού έχει περιοριστεί αποκλειστικά στην περιοχή των Λευκών Ορέων, ενώ πληθυσμοί του διατηρούνται στα νησιά Θοδωρού, Μονή, Σαπιέτζα, Άγιοι Πάντες και Αταλαντονήσι όπου το είδος έχει εισαχθεί.
  • Η κρητική μυγαλή (Crocidura zimmermanni), το μοναδικό ενδημικό θηλαστικό της Ελλάδας, είναι ένα σπάνιο και ελάχιστα μελετημένο είδος το οποίο διαβιοί σε οροπέδια, σε υψόμετρα μεγαλύτερα από 1150 μέτρα αν και ενδέχεται να βρεθεί και σε χαμηλότερα υψόμετρα.
  • Ο αγριόγατος  (Felis sylvestris cretensis), ένα είδος αγριόγατας που δύσκολα συναντάται και το όνομα του οποίου περιβάλλεται από μυστήριο. Μέχρι το 1996 θεωρείτο εξαφανισμένο είδος ώσπου επιστήμονες από το Πανεπιστήμιο της Perugia σε συνεργασία με το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, κατόρθωσαν να συλλάβουν ένα ζωντανό άτομο. Φέρει χαρακτηριστικούς σκουρόχρωμους δακτυλίους στην ουρά και είναι σημαντικά μεγαλύτερο σε μέγεθος από την κοινή γάτα. Προστατεύεται επίσης από την Σύμβαση της Washington (CITES) για το διεθνές εμπόριο ειδών που απειλούνται με εξαφάνιση.
  • Ο Αγκαθοποντικός (Acomys minοus), είναι ένα ιδιαίτερο είδος τρωκτικού με αγκαθωτές τρίχες στην ράχη του από όπου πήρε και το όνομά του. Αν και μέχρι πρόσφατα θεωρούνταν ενδημικό, στην πραγματικότητα εισήχθη ακούσια από τον άνθρωπο. Οι μοναδικοί ευρωπαϊκοί πληθυσμοί του είδους βρίσκονται στην Κρήτη.
  • Ο γυπαετός (ή κοκκαλάς) Gypaetus barbatus, ένα από τα σπανιότερα πουλιά της Ευρώπης, είδος γύπα με άνοιγμα φτερών περί τα 2,80 μέτρα. Φέρει στο στήθος και την κοιλιά χαρακτηριστικό βαθύ πορτοκαλί χρώμα που αποκτά με την τριβή του σε ασβεστολιθικά πετρώματα που φέρουν οξείδια του σιδήρου. Σε περιοχές που στερούνται πετρωμάτων με οξείδια του σιδήρου, το στήθος και κοιλιά του γυπαετού είναι λευκά. Είναι το μοναδικό είδος παγκοσμίως που τρέφεται σχεδόν αποκλειστικά με κόκκαλα, τα οποία ρίχνει από μεγάλο υψόμετρο για να σπάσουν σε μικρότερα κομμάτια, ακολουθώντας την πορεία τους σε σπειροειδή πτήση. Εν συνεχεία τα καταπίνει και τα αποδομεί μέσω των ισχυρότατων γαστρικών υγρών που διαθέτει. Πρόκειται για είδος που προτιμά περιοχές μεγάλου υψομέτρου, με το θηλυκό να γεννά δύο αυγά τα οποία επωάζονται για 55-57 ημέρες. Ο γυπαετός σήμερα έχει εξαφανιστεί από την υπόλοιπη Ελλάδα και επιβιώνει μόνο στην Κρήτη.
  • Το όρνιο ή κανναβός Gyps fulvus, το πιο κοινό είδος γύπα, ένα μεγάλο και βαρύ αρπακτικό με άνοιγμα φτερών περί τα 2,60 μέτρα. Φέρει γυμνό κεφάλι με κολάρο από λογχοειδή κοντά φτερά στην βάση του λαιμού. Η πτήση του διακρίνεται σε μεγάλους και αργούς κύκλους, εκμεταλλευόμενο τα θερμά ανοδικά ρεύματα. Στη Ελλάδα υπολογίζεται ότι διαβιώνουν περίπου 400 ζευγάρια. Τρέφεται με νεκρά ζώα (πτωματοφάγο).
  • Η αράχνη Macrothele cretica, εξαπλώνεται μόνο στα Λευκά Όρη και πουθενά αλλού στον κόσμο. Στο κόκκινο βιβλίο των απειλούμενων ζώων της Ελλάδας, το είδος αναφέρεται ως τρωτό.

Δείτε τον κατάλογο της Ε.Π.Μ.